在原始民族与先进文化接触之前，咬人的蚂蚁、鞋子、寄生虫、苍蝇、蚊子、毒蛇，这些是美洲原本就有的。可欧洲人带来了新品种，比如跳茧、蟑螂、虱子、臭虫和老鼠。从而产生了天花、猩红热、斑疹伤寒热、伤寒热、流行性感冒、麻风病、恰加斯氏病（南美洲锥虫病）……

恰加斯氏病是一种无可救治的疾病，它不止伤肝伤脾损害心脏，临床过程中也变化多端。引发恰加斯氏病的寄生虫通过吸血臭虫传播，拉丁美洲曾有1800多万人感染此病，而吸血臭虫恰恰来自欧洲。

美洲大部分地区人口密度很低，这就导致一些在欧洲城市中心无穷循环的传染病和儿童疾病到了美洲反而无法传播。虽然当时美洲本地依旧有很多危险的动物、有毒的爬虫、植物、昆虫、节肢动物可以作为疾病病菌的传播媒介。

当然也有许多由细菌和寄生虫引起的地方热病，可能是由美洲蚊子、扁虱、苍蝇、跳蚤、半翅类昆虫传播的。比如立克次氏体（洛基山斑疹伤寒），就是只在美洲发现的特殊病菌引起的。

疟疾（经按蚊叮咬或输入带疟原虫者的血液而感染疟原虫所引起的虫媒传染病）则是几乎全世界都有，而美洲特产奎宁（金鸡纳霜）正是治愈疟疾的特效药。奎宁从金鸡纳树或秘鲁树皮中提取，患有流行性热的土着美洲人饮用与金鸡纳树邻接的池塘水时发现了金鸡纳树的治疗价值。

绝大部分的疾病在热带地区特别容易爆发，因为这里天气炎热，毒虫、细菌最多。原本历史上刚开挖运河的时候就遇上运河起点处的查格雷斯河水位暴涨。这就无形中加速疟疾、黄热病等热带传染病肆虐，疟疾还好，有特效药金鸡纳霜。黄热病就很要命了，没有什么特效药，高热时黄热病的治疗只能采用物理降温为主，给予流质或半流质饮食，频繁呕吐者可禁食、给予静脉补液，注意水、电解质和酸碱平衡。亚历山大三世有一种说法就是死于黄热病。

而亚历山大帝国所能掌握的静脉注射生理盐水和一些抗炎杀菌的药水谁也不知道能不能用于治疗黄热病。但卫生部对酒精消毒、改善卫生环境以及对患者的隔离措施有着不错的经验。由于亚历山大知道疾病的根源就是蚊虫，所以在了解到帕特罗克勒斯在非洲开凿运河后就让卫生部制订了针对性措施，下令执行一系列“运河开凿期间卫生措施”。因此这次帕特罗克勒斯开凿巴拿马运河就再次用到这些条例和措施了。

他们大规模的砍伐运河区两边的热带森林，增大蚊虫居住湿雨森林与运河劳工区的距离。同时，开展大规模的灭蚊行动，包括改善城市供水系统、采用烟熏法消毒建筑物、向蚊虫滋生区域喷洒杀虫剂、安装纱窗和净化各处水源等。

此时巴拿马及哥斯达黎加的土着人口加起来也就七八万人，哥斯达黎加的土着印第安人主要包括布里夫里人、博鲁卡人和瓜图索人，跟巴拿马地区的土着同源，有些部族在巴拿马也有居住。帕特罗克勒斯留下了人在巴拿马运河的南岸建城，其中大部分是黑人。同时招募了大量当地人挖掘运河，在击败奇布查人的余威之下，这些同样说着奇布查语的支系大部分都不敢对抗，只有少部分人逃往尼加拉瓜地区。留在当地的人中青壮劳力几乎全部被招募进了挖掘队伍中，大概有2万人出头，但这数量远远不够。

于是，就有了另一项非常重要的工作就是从非洲大量引进黑人劳工，他们对疟疾天生免疫，对黄热病也有很强的免疫力，是最适合的劳工。因而再次促进了新的航海发展，就是从西非顺着南赤道暖流到南美东部只需要一个月不到的时间，快的话甚至不用20天。从而南美到非洲之间的贸易路线也就开辟了，大大促进了两地的商品交流。