也是在此期间，人类第一次与外星智慧种族接触——后者在日后人类被统称为【异形】。人类与异形爆发了战争。在这个时期，人类之中开始诞生名为【灵能者】的具备超自然能力的个体，并且越来越多在人类世界中出现 。

第二十二个千年（M22），通过对灵能和灵能者的研究，人类中出现了一类名为 【导航者】的特殊灵能者，导航者可以在亚空间航行之中为太空船导航，使人类能更快速地进行亚空间跳跃，到达更远的地方，人类文明活动足迹也在这一时期迅速遍布整个银河系。

据说，人类在银河系中建立了超过一百万个星球世界（也有说法是殖民了超过100万个恒星系），人类科学技术水平突飞猛进，并且依靠名为【标准建设模版】（Standard Template Construction，STC）的技术，建立起雄厚的经济、军事力量，与数十个异形种族缔结了互不侵犯条约。

这一开明、强盛，物质生活无比充足，文化艺术高度发展，科技高度发达的时期，被后来的人类称为【黄金时代】。

然而好景不长，很快兴起的人类文明便接触到了这个宇宙最真实黑暗、血淋淋的一面，深深感受到这个宇宙与生俱来的【恶意】。

第二十五个千年（M25），以往平静地亚空间不知为何开始出现可怕的风暴，干扰了星际航行。起先亚空间风暴只是零星偶发，但后来越来越频发和强烈，肆虐地亚空间风暴使得人类文明一下子就失去了超光速通信和超光速航行的能力。

庞大的银河联邦，一下子就被分割成无数深海中的孤岛，沦陷在肆虐的亚空间风暴之中，孤立无依。

祸不单行，收到异常活跃亚空间能量的影响，人类发生基因突变的概率剧增，灵能者、各种亚人开始大规模出现。名为【恶魔】的亚空间生物，通过异能者来到物质世界，给人类带来混乱和毁灭。许多异形种族更是趁机开始攻击人类占领的星球。

依赖外界补给的世界陷入长时间的动乱和战争，科技水平不断倒退，有的甚至倒退回了封建社会时代。散步在银河系中的人类，陷入了噩梦般的混乱、黑暗与绝望之中。

人类步入了名为【黑暗时代】的漫长五千年，从第二十五个千年到第三十个千年的漫长岁月里，银河系中的人类世界被内战、叛乱、异形捕食和恶魔侵略所撕裂，科技和文明不断倒退，数以万亿计的人类惨死在混乱之中，人类处在毁灭的边缘。

甚至就连人类伟大神圣的母星【泰拉】，也倒退回了半封建社会，许许多多科技军阀在泰拉上混战了数千年，星球生态系统都被摧毁，动植物几乎全部灭绝，海洋也接近干涸变成了荒凉沙漠。

从太空看去，原本美丽的蓝色星球变成了丑陋的黄褐色，寸草不生，满目苍夷。天空中飘荡着充斥着核辐射的尘埃，灰蒙蒙的一片。