不知是不是命运的恶作剧,黑暗物质刚好遇见了被封印在惩戒之壶内的胡帕恶念,与因为被阿尔宙斯封印起来而憎恨一切的胡帕恶念达成约定。
它帮胡帕恶念脱困并占据本体胡帕的身体,而胡帕恶念则要协助它进入人类的大陆。
那不知从何而来来的黑暗物质很清楚,人类产生的负面情绪数量是恐怖的,只要跨越风暴之壁,它就能以此作为基础壮大起来。
后面的事情便很简单了,胡帕恶念和黑暗物质互相利用,胡帕恶念脱困占据了在创世之谷被困住的胡帕本体的身体,取代了它,而黑暗物质则是如愿以偿来到了人类大陆,以负面情绪壮大了自己。
可胡帕恶念却没想到黑暗物质早已在它身上做了手脚,它变成了黑暗物质手下的第一号傀儡,以金色圆环的时空间之力不断传送宝可梦,让黑暗物质壮大了它的黑暗军队,把人类世界搅了个天翻地覆。
等镇守风暴之壁,身处各自空间的帕路奇亚和帝牙卢卡意识到时,黑暗物质已经将人类大陆化作一片废土,并来到宝可梦大陆占据了世界初始之树。
同时,因为传说精灵之间基本不会交流的原因,已经有不少传说精灵不慎被胡帕恶念传送,然后被强行拉入了黑暗,成为一具没有自我意识,只为黑暗物质征战的空壳。
也不知道黑暗物质用了什么手段,沉睡中的阿尔宙斯完全没察觉到问题,帝牙卢卡和帕路奇亚又无法进入阿尔宙斯的空间唤醒它。
无奈之下,时空双龙只能集结起仅存的兵力进行反抗,同时指引风暴之壁另一端人类大陆还残留的部分人类通过风暴之壁,来到宝可梦的大陆。
只因为它们曾经听阿尔宙斯提到过在其他的世界里,人类作为训练家与宝可梦配合,能发挥出难以想象的力量。
但阿尔宙斯并不这么认为,它觉得人类和宝可梦之间隔离开来是最好的处理方式。
抵抗黑暗物质的联军节节败退的现在,它们也只能赌一把,引渡残余的部分人类来到宝可梦的大陆,让他们与宝可梦结成伙伴,加入了抵抗之战。
果不其然,残余的人类中涌现了许多出色的存在,他们被称作勇者,虹之勇者、理想勇者、波导勇者等......
少女经过理想勇者和理想之龙的指引,寻找到了莱希拉姆沉睡的地方,想要成为真实勇者拯救世界,向毁掉她的家乡和土地的黑暗物质复仇。