重新修订后的流行版变成了四十回，改动很大，删去了连载版中一些与故事或人物并无必要联系的情节，如“小红鸟”、“蛙蛤大战”、“铁掌帮行凶”等等，还除去了秦南琴这个人物，将她与穆念慈合而为一。

秦南琴在连载版中是杨过的生母，曾和郭靖一同捕捉专吃蛇胆的血鸟，就是传说中的“小红鸟”。

那血鸟日后还在《神雕侠侣》中跟随杨过，啄瞎过李莫愁的一只眼睛，以致公孙止见了李莫愁，竟然说道：“咱们在这里相会，也可说是有缘，不但是‘同病相怜’，而且还是‘独具只眼’，不不，是‘各具只眼’。”这两人独眼相望的场面，想来很是有趣。

而秦南琴的故事一去，血鸟自告消失，《神雕侠侣》中李莫愁的独目亦沾光复明，所以这一个改动也算是牵连很大。

此外，也加上一些新的情节，如开场时张十五说书、曲灵风盗画、黄蓉迫人抬轿与长岭遇雨、黄裳撰作《九阴真经》的经过等等。

总体来讲，重修过的流行版（三联版）比之前连载版成熟、紧凑了很多，此版也被最多人所熟知。

但是不管三联流行版，还是最开始的连载版，里边很多角色的年龄问题、部分重要事情的发生发展顺序都有一些混乱矛盾。

尤其最不能忍受的是，男主角郭靖跟女主角黄蓉的年龄大悖论！按照书中开始所说，郭靖18时，遇到黄蓉15，郭比黄大3岁，所以满口“靖哥哥”，但是根据书中其他相关情节可以轻易推算出来，黄蓉至少要比郭靖大10岁，简直就是怪阿姨的存在！

因此金庸老爷子在2001年至2002年期间，结合众多资深金迷的意见和建议，重新修订《射雕》，称为新修版，也叫世纪修订版。

这一版本对书中年代、人物年龄、事迹先后等细节纠正很多，周伯通的年龄、江南七怪的年龄范围都有微调，也合理解决了郭靖、黄蓉的年龄问题，还对黄药师众弟子年龄和关系重新改写：曲灵风变成了大弟子、梅超风出场时由流行版“四十来岁”年纪年轻至“二十多岁”……

除此之外，还给了黄药师一段家族身世，并对九阴作出解释，按易经，阳为奇数，阴为偶数，所以《九阴真经》的最高境界应为阴阳相容、刚柔相济。而书的结尾处，郭靖与黄蓉镇守的襄阳城变成了更加合理的青州城，直到《神雕》故事开始前才退守到襄阳……

邓铮费了整整三天时间，用脑中引擎将三个版本认真比对研读了几遍，最后决定采用世纪新修版的《射雕》！