许多战舰在黑暗风暴的攻击下护盾破裂，舰身受损。林羽深知必须尽快阻止黑暗旗舰，否则后果不堪设想。他望着黑暗旗舰，心中涌起一股决绝之意：“我要登上那艘旗舰，看看他们的幕后主使到底是谁，或许只有这样才能彻底阻止这场灾难。”

苏婉清想要劝阻，但看到林羽坚定的眼神，她知道自己无法改变他的决定。于是，她说道：“我与你同去，生死与共。”

林羽点了点头，两人带领着突击队的剩余成员，驾驭着战舰，向着黑暗旗舰冲去。在接近黑暗旗舰的过程中，他们遭遇了重重险阻，但凭借着顽强的意志和高超的技艺，一次次化险为夷。

终于，他们成功登上了黑暗旗舰。黑暗旗舰内部弥漫着浓郁的黑暗气息，走廊中回荡着诡异的声音。林羽和苏婉清小心翼翼地前行，他们的感官高度警惕，随时准备应对突发的危险。

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当他们来到旗舰的核心控制舱时，却发现舱内空无一人，只有一个巨大的黑暗能量源在中央缓缓旋转，散发着令人胆寒的气息。林羽走近能量源，突然感觉到一股强大的精神力在试图入侵他的意识。

他连忙运转灵力和精神力进行抵抗，同时大声喊道：“是谁？躲在暗处算什么英雄！”

就在这时，一个冰冷的声音在他的脑海中响起：“你们以为能阻止这一切吗？这只是一个开始，一个全新宇宙秩序的开始，而你们，都将成为这个秩序的牺牲品。”

林羽愤怒地回击道：“你到底是谁？为什么要这么做？”

但那个声音却不再回应，只是黑暗能量源的旋转速度越来越快，整个黑暗旗舰开始剧烈颤抖起来。林羽意识到，这可能是黑暗势力的一种自爆装置，如果让它爆炸，周围的联盟战舰将无一幸免。

“我们必须阻止它！”林羽喊道。

他和苏婉清以及突击队成员们纷纷施展出自己的最强攻击手段，试图破坏黑暗能量源。然而，黑暗能量源的防御极为强大，他们的攻击如同蚍蜉撼树，收效甚微。

就在众人感到绝望之时，林羽突然发现黑暗能量源上有一个微小的能量节点，这个节点的能量波动与其他地方略有不同。他心中一动，或许这就是破坏黑暗能量源的关键。

“集中力量攻击那个节点！”林羽大声喊道。

众人闻言，将所有的力量汇聚到一点，向着那个能量节点发动了最后的攻击。在一阵耀眼的光芒和震耳欲聋的爆炸声中，黑暗能量源被成功破坏，黑暗旗舰停止了颤抖，陷入了一片死寂。

而此时，联盟的舰队在经过艰苦的战斗后，也逐渐占据了上风，黑暗势力的舰队开始节节败退。但林羽望着那艘黑暗旗舰，心中的疑惑却越来越深。那个神秘的声音所说的全新宇宙秩序到底是什么？黑暗势力的幕后主使到底是谁？他知道，这一场战争虽然暂时取得了胜利，但更大的危机可能还在后面，就像隐藏在黑暗深渊中的巨兽，随时可能再次露出狰狞的獠牙，将整个宇宙拖入无尽的深渊。